Общее собрание членов Ассоциации – высший орган управления НАФО, действующий на основании Устава и Положения об Общем собрании членов НАФО. Общее собрание может быть очередным и внеочередным. Все члены Ассоциации вправе участвовать в Общем собрании, обсуждать вопросы повестки дня и голосовать при принятии решений, за исключением случаев, предусмотренных Уставом Ассоциации и Положением об Общем собрании

Бюро Ассоциации является постоянно действующим коллегиальным исполнительным органом управления Национальной Ассоциации Фасилити Операторов, осуществляющим общее руководство деятельностью Ассоциации в промежутках между Общими собраниями членов Ассоциации на основании Устава и Положения о Бюро НАФО.
Бюро подотчетно Общему собранию членов Ассоциации. Решения Общего собрания членов Ассоциации, принятые в рамках его компетенции, являются для Бюро обязательными.

Глава Ассоциации – единоличный исполнительный орган Ассоциации, действующий на основании Устава и Положения о Главе НАФО. Глава Ассоциации избирается Общим собранием членов Ассоциации сроком на 2 года. Полномочия Главы могут быть прекращены досрочно по решению Общего собрания членов Ассоциации, а также в иных случаях, предусмотренных Уставом Ассоциации.
Обеспечивает выполнение решений Общего собрания членов Ассоциации.